“Virüsler Hakkındaki Bilgi”

Yazan Prof. Dr. Alişan YILDIRAN

Değerli okuyucular, yakın zamanda sahte pandemi sürecine, aşılar hakkında kitle illüzyonunun dayandırıldığı, aslında çoktan tarihte yerini almış olan germ teorisi hakkında beş yıl süren ecnebilerin ‘digging’ dediği kelime kelime bilmece çözer gibi yapdığım tahkikatın neticesini takdim ediyorum. Yazıyı önce yabancı bir dergide yayınladım ve meşhur JL Casanova (linkdeki profiline göz atmanızı isterim, müthiş bir cv https://www.rockefeller.edu/our-scientists/heads-of-laboratories/970-jean-laurent-casanova/)’ya takdim ettim, verdiği cevabı da paylaşmak isterim: Makaleniz mükemmel; canlı, zekice, bilgili ve derinlikli. Harika iş! Konunun tarihine ve felsefesine dikkat ettiğiniz için teşekkürler – fikirler önemlidir!

Science has to be understood in its broadest sense, as a method for comprehending all observable reality, and not merely as an instrument for acquiring specialized knowledge. (Bilim, mufassal olarak, yalnızca malumat edinmenin bir aracı olarak değil, görünür hakikati idrak etmenin bir usulü olarak anlaşılmalıdır). Alexis Carrel (Rockefeller Enstitüsü, 1912 Nobel ödülü, damar sütür tekniği, organ nakli öncüsü)

Bu yazıda, bir 'klinik' immünolog olarak tarih ve felsefi mantıkla uyumluluğuna dikkat edilerek, aşağıdaki konular ve bağlantıları sırasıyla ele alındı. Mikroorganizma teorisiyle başlayan 'mikrobiyolojinin' genetik bilgimizdeki yerinin ne kadar önemli olduğu, ancak doğru ve yeterli bir şekilde açıklanmadığı anlatılmaya çalışılmaktadır. Konu, hayal ettiğimden çok daha geniş ve önemliydi. Meşhur immünolog Janeway'in kırk yıl önce söylediği gibi, belki de immünologların "mikrobiyolojiyi yeniden keşfetmeleri" gerekiyor. Klasik germ teorisi modern bilgiler ışığında yetersizdir. Virüslerin yeniden tanımlanması gerekir, mikrobiyoloji ve immünoloji, mikroorganizmaların insan sağlığındaki rolünü anlamak için daha bütünleyici bir yaklaşım benimsemelidir.

Mikrobiyomun Bilinmediği Çağda ‘Hastalıkların’ Germ Teorisi

Avrupa’da hastalıkları husule getirdiğine inanılan ‘miasma’ (Grekce zehirli buhar, eşdeğeri latince ‘virüs’) ilk defa 1840’da Henle tarafından bugün mikrob olarak bildiğimiz canlılar olduğu fikri ortaya atıldı. Aslında Henle’den evvel contagium vivum (bulaşan canlı) teorisini ileri sürenler de vardı. Pastör’ün ilham aldığı, ısıtmanın bulaşıcılığı önlediği pastörizasyon tekniğini ve şarbon etkenini ilk defa gösteren Casimir Davaine idi ama bu bilgi pek bilinmez (1).

Ancak, etken ile hastalık arasındaki illiyet hâlâ bilinmiyordu. Aslında doktor değil bir kimyager olan Pastör mayalanmanın germler (mikroplar) ile husule geldiğini (germ theory of fermentation), ardından hastalıkların da germler ile ortaya çıktığını öne sürmüşdü. Bu durum patologların birer germ-mikrob avcısına dönüşmesine yol açmıştı (2).

Tüberküloz basilini keşfeden Dr. Robert Koch ise 1890’da bir enfeksiyon hastalığının etkenini hakkındaki ölçütleri ihtiva eden nazariyesini (Koch postülaları) yayınladı. Buna göre belli bir hastalık her hastada tesbit edilmeli, elde edilen etken kültürde üretilebilmeli ve üretilen bu etken sıhhatli birisine verildiğinde aynı hastalık ortaya çıkmalı idi. Bu nazariye (Koch postülaları) günümüze kadar mikrobioloji ve tıbbın kilit taşı idi. Hatta Pastör ve Koch bu sebeble mikrobiyolojinin kurucusu olarak kabul edilir (3, 4).

Moleküler Patolojinin (dolayısı ile bugünkü modern tıbbın) kurucusu olan meşhur Virchow ve Von Pettenkofer ise Koch nazariyesini kabul etmemişlerdi, hatta Von Pettenkofer o zaman için ölümcül olan kolera etkenini herkesinin gözü önünde içmiş ve hasta bile olmamışdı. Virchow ise (moleküler iskemi-reperfüzyon hasarını bilmediği halde) kılcal damar tıkanması ve dokuda toksinlerin birikmesinin hücre fonksiyonlarını bozduğunu düşünüyordu (bugün bile çok haklı olduğu kanaatindeyim) (5).

Üstelik germ teorisi ‘bugün bile’ ökaryotik virüsleri izah etmemekdedir (bakteriofajları virüsler ile karışdırmayın, aşağıda ele alındı). Bunu da ilk defa 1936’da virolojinin kurucusu Dr. Thomas Rivers daha o zaman ifade etmişdi. Virüsler üç negatif ile tanımlanabilirdi; bakteri süzgeçlerinde tutulamazlar, ışık mikroskobunda görülemezler ve kültürde üretilemezler. Virüslere dolaylı olarak ‘serokonversiyon yani o virüse özgü antikor ile var’ denilebileceğini iddia ediyordu (aşı firmalarının yegâne dayanak noktası yani) (4).

Ancak, virüsler ortamda ve insanda çok mikdarda olup, hücre içinde de olabilirdi (endojen retrovirüsler) ve bunu ancak 1957’de Huebner farketmiş ve hastalık ve etken arasındaki illiyeti göstermek için Koch nazariyesine bir de epidemiyolojik bulguların ilave edilmesi gerekdiğini belirlemişdi. Huebner bu durumu virologların açmazı olarak ifade etmişdi. Bu konudaki gelişmeleri Evans’ın çok mühim makalesinden takib edebilirsiniz (4).

Mikrobiyom

Hipokrat 2000 yıl evvel ‘Bütün hastalıklar barsakda başlar’ demiş. İlk defa 2001’de bakteriyel konjugasyon ve transduksiyonu tanımlayan araştırmacı Lederberg tarafından mikrobiyom ismi konulmuş. Ardından 2006’da, O’Hara ve ark. tarafından ‘barsak florası: unutulmuş bir organ’ adı ile gündeme getirilmiş ve kalın barsakda bulunan 10¹¹/gr mikroorganizma topluluğuna mikrobiota adı verilmiş ve bunların metabolitlerinin insan fizyolojisinde vazgeçilmez olduğu anlaşılmışdı. Mikrobiyomda anaerobik metabolizma ile ortaya çıkan kısa zincirli yağ asitleri (butirat, propionat ve asetat) olup, bunlardan butirat promutagenik olabilir (6, 7). Mikrobiomu husule getiren bakteri, bakteriofaj, insan epitel hücreleri arasındaki dengenin bozulması ise (disbiyoz, zıddı simbiyoz) hastalıkların ortaya çıkmasına yol açıyor olmalıdır (8). Kısaca mikroplar (germler) sıhhatli bir vücut için vazgeçilmezdir (9).

Mikropsuz fare modelleri, bakterilerin organizmanın bağışıklık, solunum, sindirim, metabolizma, endokrin ve sinir sistemlerinin sağlıklı işleyişi için gerekli olduğunu göstermiştir (10).

Burada önemli bir soru, mikrobiyomun fetüste mevcut olup olmadığıdır. Stinson ve ark. tarafından yapılan çalışmada, rahim içi enfeksiyon belirtisi olmayan ve acil olmayan sezaryen doğum geçiren 50 kadından ilk dışkı mekonyumu ve amniyotik sıvı örnekleri alınmıştır. Fetal bağırsak ve amniyotik sıvı bakteri mikrobiyomlarının yüksek çözünürlüklü profilini çıkarmak için tam uzunlukta 16S rRNA gen dizilemesi yapılmıştır. Tüm mekonyum örnekleri ve amniyotik sıvı örneklerinin çoğu (36/43) bakteri DNA'sı içermiştir (11).

Kanın steril olup olmadığı da diğer bir sorudur. 1900'lerin başlarında Béchamp, hayvan vücut sıvılarının, konakçının ölümü ve çürümesi üzerine bakteriye dönüşen hücre altı canlı parçacıklar (yani mikrozimalar) içerdiğini iddia etti. Ayrıca Enderlein, insan kanında endobiyontlar ve protitler adını verdiği küçük varlıkları tanımladı. Bazı yeni canlı kan analizi çalışmaları, sağlıklı insanların kanında pleomorfik bakterilerin bulunduğunu öne sürüyor. Ancak Martel ve arkadaşları bu iddiaları çürüttü. Bulguları, canlı kan analizi sırasında gözlemlenen olayların, ex vivo inkübasyon sırasında hücrelerin ve vücut sıvılarının zamana bağlı çürümesiyle tutarlı olduğunu gösterdi (12). Ancak en azından mesanenin bir mikrobiyoma sahip olduğu gösterilmiştir (13).

Virüs (Eskiden Miazma Denirmiş)

Tütün mozaik hastalığında (TMV) filtrelenebilir bir ajan ilk olarak 1890'larda tanımlanmıştır (14). Bununla birlikte, Stanley'nin 1930'larda kristalografi yoluyla bu ajanın neye benzediğini göstermesinden bu yana, virüs kavramı virolojide önemli ölçüde gelişmiştir. 1990'larda Grmek, virolojiyi "genetik, sitoloji, bakteriyoloji ve onkolojinin kesiştiği noktada yer alan özerk bir disiplin" olarak tanımlamıştır (15). Hatta popüler basında "bir virüsün ilk kez görselleştirildiği" duyurulmuştur (16).

Virüsler uzun zaman evrim biyologları tarafından ihmal edilmiş ve hücrelerden türediği düşünülmüştür (17). 1990'lara kadar bile virüslerin endojen mi yoksa eksojen mi olduğu, bakteriyofajların virüs olup olmadığı ve doğal seçilime tabi olup olmadıkları konusunda tartışmalar vardı. Ribozomları olmadığı için ‘Evrimin Hayat Ağacı’ndaki yerleri belirsizliğini korumakdadır (15). Virüslerin nasıl yayıldığı da dikkate alınmalıdır. Hava yoluyla bulaşma aslında hiçbir zaman gösterilmemiştir, bu nedenle hava yoluyla bulaşmayı tanımlarken "mevcut inanışa göre" terimi kullanılır (18).

Virüsler nereden geldi? Kökenleri neydi? Protein üretimi için gerekli ribozom ve ATP'den yoksun virüslerin varlığını açıklamak için üç hipotez öne sürülmüştür: hücrenin önce ortaya çıktığını öne süren ilerleyici, gerileyici ve virüs-öncelikli hipotezler (19). Virüsler arasında bakteriyofajların bulunması da mantıksız görünmektedir; insanları enfekte etmezler ve aslında sadece bakterileri transdükte ederler (20).

Bakteri boyutundaki virüsler ise ilk olarak 1981 yılında doğada ve hastalarda tespit edildi. Genomlarında mitokondride bulunan sitokrom P 450 enzimi, glikoliz, trikarboksilik asit döngüsü ve hücre iskeleti genlerinin bulunduğu tespit edildi. Benzer bir dev virüs ailesi olan megaviricetler, diğer virüslerde bulunmayan DNA onarımıyla ilgili genler içermesi bakımından benzersizdir. Başka bir organizmada kendini kopyalayan bir protein neden bir onarım geni içersin ki? (21). Kim bilir?

Virom

Memelilerin genetik ve transkripsiyonel kimliği kısmen birlikte ortaya çıkmış viromumuz tarafından tanımlanır; bu kavram, sağlık ve hastalığı anlamak için derin sonuçlar doğurur. Viromun başlıca bileşenleri ökaryotik virom, endojen viral elementler ve prokaryotik viromdur. Virom üyeleri, mikrobiyomun diğer üyeleriyle etkileşime girerek ve konak genetiğindeki varyasyonlarla etkileşime girerek, konak fenotipini kombinatoryal bir şekilde etkiler (Şekil 1) (22). Bu şekil, makalede anlatılanların tasavvur edilebilmesi amacıyla verilmiştir.

Bakteriyofajlar, bağırsak viromunda (%90) ve Dünya'da bulunan en yaygın biyolojik varlıklardır. Üstelik genleri çok değişken olduğu için, aynı genoma sahip iki bakteriyofaj bulmak zordur (23) (kar taneleri gibi, yaratıcının ihtişamı-AY).

Şekil 1: Viromun Bileşenleri ve Genotip/Fenotip İlişkisiyle İlişkileri (22).

Bakteriyofajlar ve d’Herrelle

Hershey-Chase deneyi, 1952'de genetik bilginin DNA'da bulunduğunu ispat etmişdi; bakteriyofajın bakteriye girdiği ancak, kılıfını dışarıda bıraktığı gösterildi (24). Dolayısıyla d'Herrelle’in haklı olduğu ortaya çıkmışdı. Oysa bakteriyel lizis üzerine yaptığı çalışmayla Nobel Ödülü kazanacak olan Jules Bordet, bu ajanın "kendini idame ettiren katalitik bir enzim" olduğuna inanıyordu. Bir diğer Nobel ödüllü John Northrop da Bordet'in fikrini desteklemişti (25).

Temel bir hatırlatma olarak, bakteriyofajların litik döngüsü çevredeki bakteri popülasyonlarını azaltmaya hizmet ederken, lizojenik döngü bakteri genomunu değiştirir. Deniz fajları çoğunlukla litik iken, gastrointestinal fajlar lizojeniktir. Doğuştan gelen bağışıklık sistemi, gastrointestinal fajları toll benzeri reseptörler ve nükleik reseptörler (RIG-1 gibi) kullanarak tanır. Bakteriyofajlar (adından da anlaşılacağı gibi) memeli hücrelerini enfekte etmediğine göre, bu faj tanıma sistemi insanoğlunda neden var? Bakteriyofajların henüz ökaryotik hücrelerde (örneğin insan hücrelerinde) çoğaldığı gösterilmemiştir. Bakteriyofajların metazoanlarda daha önemli bağışıklıkla ilgili işlevleri var mı? Portillo ve meslektaşlarının da bu soruyu sorması dikkat çekicidir (26). Araştırmacılar, fajların bakteri florasının homeostazına aktif olarak katkıda bulunduğundan şüphelenmeye başladılar (27).

İmmünoloji ve mikrobiyolojide aslında çok önemli, ancak talihsiz bir figür olan d'Herrelle'e ne olduğunu konuşalım. Geliştirdiği faj terapisi 1930'lara kadar enfeksiyonlarda yaygın olarak kullanıldı ve hatta ticarileştirdi. Ünlü roman "Arrowsmith" bile bu gelişmelerden ilham aldı ve hatta bu gelişmeler hakkında yazıldı. Ancak, Metchnikoff, Bordet ve Erlich gibi immünolojinin kurucularıyla aynı safta yer aldığı ve aşılara karşı çıktığı için hızla unutuldu. Özellikle BCG ve kolera aşılarının (ki bunlar insanları sadece hasta eder) tehlikeli olduğunu savundu. Bu durum antibiyotik ve aşı üretimini tehlikeye attı (28).

Bakteriyofajlar virüs müdür? Şahsen bakteriofajların yaygın virüs inanışı ile ilgisi olmadığı kanaatindeyim. Strathdee ve arkadaşları, ‘fajların virüs olduğunu ve tüm ortak virüs özelliklerine sahip olduğunu yazmışlar: konaklarının dışında çoğalmazlar, nispeten küçük genomlara sahiptirler, çoğalmaları için konak mekanizmasını yoğun bir şekilde kullanırlar ve sıkı bir konak hücre özgüllüğü sergilerler’ demiler (29). Bununla birlikte, bakteriyofajlar genetik materyallerini bakteri sitoplazmasına enjekte eder ve zarflarını dışarıda bırakırlar (Hershey Chase deneyi). Buna benzer bir ökaryotik virion (virüs yani) yoktur. Ayrıca, bakteriyofaj virionu plaklama yöntemiyle kolayca kültive ve izole edilebilirken, ökaryotik virüsler de bunu yapılamaz (30). Prokaryotların ve arkelerin bakteriyofajlara karşı bağışıklık geliştirdiği mekanizma olan CRISPR'ın keşfi, 2020 yılında Nobel Ödülü'ne layık görüldü. Bununla birlikte, daha önce bağışıklığın yalnızca omurgalılarda var olduğu düşünülüyordu. Prokaryotik DNA'nın bir bölgesi olan CRISPR (Kümelenmiş Düzenli Aralıklı Kısa Palindromik Tekrarlar), DNA ve RNA üzerindeki etkileriyle virüslere ve diğer hareketli genetik elementlere karşı koruma sağlayan ve tek bir hücre üzerinde etki eden bir sistemdir. Burada dikkatinizi çekmek istediğim nokta, "virüs" kelimesinin kullanılmasıdır; ancak bunlar (şu anda) anladığımız anlamda virüsler değil, bakteriyofajlardır (31).

CRISPR-Cas sisteminin, bakterileri faj istilasından korumanın yanı sıra, genom evriminde, DNA onarımında ve bakteriyel virülansı değiştirmede de rol oynadığı gösterilmiştir. Bu nedenle, bu sistemin genetik hastalıkların tedavisinde potansiyel kullanımı gündeme getirilmiştir (31). Bu mekanizma doğada türler arası gen akışında da kullanılabilir mi? Aksi takdirde, insan genomunda belirlenmiş olan 223 adet bakteriyel genin varlığını nasıl açıklayabiliriz (32)?

Hücrelerimiz ayrıca bakterilerin bağışıklığına benzer bir bağışıklığa sahiptir, ancak bu temel immünoloji ders kitaplarında ayrı olarak ele alınmamaktadır. Hücre içi bağışıklık özellikle retrovirüslere karşı kullanılır (33). Virüslere karşı içsel bağışıklık, kalıp tanıma reseptörleri TLR ve RLR tarafından tanınmayla başlar ve tip I interferon yanıtıyla (IKBKB, NFKB, interferon uyarıcı genler ve JAK-STAT yolu) devam eder. Bir diğer önemli hücre içi mekanizma ise ubikitinasyondur. Bu, ribozomda mRNA'dan üretilen bir protein zincirine ubikitin (translasyon sonrası modifikasyon) eklenmesidir ve bu, proteinin proteazom tarafından parçalanmasını, hücre içindeki lokalizasyonunu ve diğer proteinlerle etkileşimini belirler. Virüsler, konakçı ubikitin bağımlı sinyal yollarına müdahale ederek veya viral replikasyonu ve patogenezi teşvik etmek için hücresel ubikitinasyon mekanizmasını ele geçirerek konakçı bağışıklık yanıtını antagonize edecek şekildedir (34).

Prionlar

Proteinler ilk kez 18. yüzyılda Berzelius tarafından Yunanca "prota" (çok önemli anlamına gelir) kelimesinden türetilen "protein" olarak adlandırılmış ve esas madde olarak kabul edilmiştir. Koyun ve keçilerin sinir sistemini etkileyen ilerleyici, ölümcül ve bulaşıcı bir hastalık olan "Scrapie" (bulaşıcı süngerimsi ensefalopati) ilk kez 1732'de tanımlanmıştır. Daha sonra, 1875'te Cohn, bakterilerin ilk sınıflandırmasını yayınlamış ve 1891'de Koch'un postulatları (aslında ilk defa 1846'da Henle) yayınlanmıştır. Erlich, 1891'de patojenlere karşı antikor proteinlerini ilk kez tarif etmiştir. Ivanovski 1898'de, süzgeçle ayrılabilen patojenik bulaşıcı ajanı tanımlamış ve ona "contugium vivum fluidum" (canlı sıvı) veya kısaca "virüs" (zehirli sıvı) adını vermiştir.

Virüsü ilk kez kristalleştiren ve özelliklerini tanımlayan Stanley, virüsü "enfeksiyon proteini" olarak tanımladı. Jacob ve Creutzfeld tarafından 1920'de tanımlanan nörolojik hastalık, sonraki 60 yıl boyunca bilinmez kaldı. Bununla birlikte, scrapie'nin (uzun kuluçka süresi nedeniyle) yavaş bir viral enfeksiyon olduğu 1938 gibi erken bir tarihte öne sürülmüştü. Fraenkel-Conrat ve Williams, 1955'te nükleik asitlerin sadece genetik bilgiyi kodlamakla kalmayıp aynı zamanda 'bulaşıcı' olabileceğini keşfetti. Gordon 1946'da, diğer virüslerin formaldehit tarafından etkisiz hale getirildiğini ve hastalığa neden olamayacağını göstermişti, ancak scrapie hala hastalığa neden olabiliyordu, bu nedenle bulaşıcı patojen virüs olamazdı.

1967'de Alper, ajanın ultraviyole radyasyona da dirençli olduğunu gösterdi. Prusiner 1983'te, hasta hayvanlarda bulaşıcı protein bazlı amiloid maddeyi izole ederek onu prion (sadece protein) olarak tanımladı ve Nobel Ödülü'nü kazandı. Peki bu proteinin kaynağı neydi? Sonuç olarak, prionların bulaşıcı yanlış katlanmış proteinler olduğu, normal katlanmış proteinlerin ise hastalığa neden olmadığı gösterildi (35). Böylece prion hipotezi, bilgi depolama ve iletimi için yeni bir sistem önerdi. Ayrıca, Koonin ve arkadaşları yakın zamanda tüm bulaşıcı madde içeren nükleik asitleri ya bencil elementler ve/veya virüsler olarak gruplandırdılar ve bu terimleri eş anlamlı olarak kullandılar (17).

Mobil Genetik Elemanlar, Horizontal Gen Transferi ve De Novo Genler

Genetiğin babası Gregor Mendel'den sonra genetiğin annesi olarak kabul edilmesi gereken Barbara McClintock, 1940'larda mısır üzerinde yaptığı çalışmalarda sıçrayan genler olarak tanımladığı transpozonlar için ancak 1983'te Nobel Ödülü'nü alabildi. Ne yazık ki, ödülün gecikmesinin nedenini ancak 2033'te öğreneceğiz (36). Ayrıca 1940'larda Avery, pnömokoklarda genetik bilginin transformasyon yoluyla aktarıldığını gösterdi. Bakterilerde genetik bilgi ayrıca transdüksiyon ve konjugasyon yoluyla da aktarılır (37).

Transpozonlar tüm canlı organizmalarda bulunur ve gelişim ve adaptasyon sırasında gen ekspresyonunu düzenler. Genom içi kromozomal yeniden düzenlemelere (silinmeler, translokasyonlar, inversiyonlar, segmental duplikasyonlar) ve gen içi mutasyonlara neden olabildikleri için evrimsel makineler olarak adlandırılırlar. Transpozonlar iki gruba ayrılır: retrotranspozonlar (LINE (uzun terminal tekrar, LTR) ve SINE (non-LTR)) ve DNA transpozonları. Yüksek mutajeniteleri nedeniyle transpozonlar virüslerin kaynağı olabilir (38). Çok hücreli organizmalar, transpozonlar gibi çeşitli hareketli genetik elementlerle ilişkili olarak evrimleşmiştir. Memeli genomunun yüzde ellisi bunlardan oluşmaktadır. Ayrıca, VDJ rekombinasyonuna dayanan adaptif bağışıklık sisteminin RAG1 ve 2 genlerinin, omurgalılardaki Transib transpozonu ile ilişkili olduğu söylenmektedir (39).

Virüsler ve ökaryotlar arasında yatay gen transferi (HGT) yoluyla gen alışverişi, konak manipülasyonunu ve viral direnci kolaylaştırabilen önemli bir evrimsel etkendir. Konak kaynaklı genlerin virüsler tarafından replikasyon ve hücre kontrolü için kullanıldığı bilinmektedir. Bu transferlerin önemli evrim, ekolojik ve sağlık etkileri vardır; yine de, büyük ölçüde çeşitli taksonlar arasında standartlaştırılmış analizlerin yokluğu nedeniyle, viral-ökaryotik gen alışverişinin şekli ve önemi hakkında genel bir anlayışa sahip değiliz (40).

1930'lu yılların başlarında J.B.S. Haldane (nedense inanılmaz meşhur biri) ve diğerleri, mevcut genlerin kopyalarının yeni işlevlere sahip yeni genlere yol açabileceğini öne sürmüşlerdir. 1970 yılında Susumu Ohno, çığır açan "Gen Kopyalamasıyla Evrim" adlı metni yayınlamıştır. Bundan sonra bir süre boyunca, neredeyse tüm genlerin atalardan kalma genlerden türediği görüşü yaygındı. De novo gen oluşumu ise, atalardan kalma genetik olmayan DNA dizilerinden yeni genlerin evrimleştiği süreçtir. De novo genler, yeni genlerin bir alt kümesini temsil eder ve protein kodlayıcı olabilir veya bunun yerine RNA genleri olarak işlev görebilir (41).

Sonuç olarak, haberci RNA'ların (mRNA'lar) alternatif ekleme ve poliadenilasyonu gibi bazı genetik mekanizmalar, gen düzenlemesine ek çeşitlilik katmanları sağlar. Bu süreçler ve diğerleri, transkriptom ve proteom çeşitliliğine katkıda bulunarak genomun kodlama potansiyelini genişletir (42). Dolayısıyla, insan genomu yaklaşık 20.000 protein kodlayan gene sahiptir, ancak insan vücudu 100.000'den fazla farklı protein üretir. İnsan genomunun sadece ~%2'si protein kodlasa da, bunun ~%80'i RNA'ya dönüştürülür. Böylece, 'gereksiz DNA'nın varlığı fikri çürütüldü ve transkribe edilen kodlayıcı olmayan RNA'ların birçoğunun, gen ekspresyon düzenlemesinin neredeyse her seviyesinde yer aldığı ve ekspresyonlarının çevresel değişikliklere hızla uyum sağladığı gösterildi. miRNA'lar, lncRNA'lar, piRNA'lar vb. gibi çeşitli kodlamayan RNA sınıfları ve bunların biyogenezinde yer alan faktörler, stresli uyaranlara yanıt olarak seviyelerinde değişiklikler göstermektedir (43).

Endosimbiyoz, Ribosozom ve Archea

Bilimde en iyi 50 kadın arasında gösterildiği halde AIDS'in bir virüsten kaynaklanmadığını söylediği için inkarcı olarak etiketlenen Lyn Margulis, mikrobiyom ve DNA içeriği hakkında bilgi sahibi olmadığı halde, 1970'te yayınlanan "Ökaryotik Hücrelerin Kökeni" adlı kitabında simbiyoz (birlikte yaşama ve birbirlerinden faydalanma) teorisini ve mitokondrilerin bakteriyel kökenini tasavvur edebilmişdi (44).

İlginç bir şekilde, bu bakış açısından bir virüs, hücre içi bir organizmaya benzer; bu da hücresel organizmalar ve virüsler arasındaki sınırı daha da bulanıklaştırır. Carl Woese, canlı dünyasında üç farklı ribozomun varlığını keşfetti ve eski prokaryot-ökaryot ikili sistemini bir üçlü sistemle (arkea, bakteri ve ökaryot) değiştirdi. Böylece tüm hücresel organizmalar evrensel bir yaşam ağacında bir araya getirilebilirdi. Oysa, virüsler bu resimde yoktu (45).

Analizde bakteri ve ökaryot gruplarına ek olarak, metan üreten mikropların üçüncü bir grubu daha vardı. Bu metanojenlerin, oksijenle öldürüldükleri, alışılmadık enzimler ürettikleri ve bilinen tüm bakterilerden farklı hücre duvarlarına sahip oldukları için mikrobiyal dünyada kimyasal olarak tuhaf oldukları zaten biliniyordu. Bakteriler ve ökaryotlar zarlarında D-gliserol bulundururken, arkeler L-gliserol bulundurur. Bu, geometrik bir farklılıktan daha fazlasıdır. Hücrenin kimyasal bileşenleri enzimler tarafından oluşturulmalıdır ve molekülün "el"i (kiralitesi) bu enzimlerin şekli tarafından belirlenir.

Bakterilerin ve ökaryotların fosfolipidlerindeki yan zincirler, genellikle 16 ila 18 karbon atomundan oluşan zincirler olan yağ asitleridir. Arkeler, zar fosfolipidlerini oluşturmak için yağ asitleri kullanmazlar. Bunun yerine, izopren kökenli 20 karbon atomundan oluşan yan zincirlere sahiptirler.

İzopren, beta-karoten (bir vitamin), doğal ve sentetik kauçuklar, bitki uçucu yağları (örneğin nane) ve steroid hormonlarının (örneğin östrojen ve testosteron) yapımında kullanılan terpenler adı verilen bir kimyasal sınıfının en basit üyesidir (46).

Bugüne kadar tek bir arkeal patojen keşfedilmemiştir. Dahası, inflamatuar bağırsak hastalığı’, diyabet veya astım gibi çok sayıda otoimmün, sistemik ve alerjik hastalığın gelişiminin, tek bir patojenik mikroorganizmanın varlığından ziyade mikrobiyal disbiyozdan kaynaklanabileceği hipotezi öne sürülmüştür (47). Düşünmeye değer değil mi?

Kiralite

Kimyada, bir molekül veya iyon, ayna görüntüsüyle (geometrik olarak ellerimiz gibi) üst üste getirilemiyorsa ‘kiral’ olarak adlandırılır. Bu geometrik özelliğe kiralite denir. Terimler, Antik Yunanca (cheir) 'el' kelimesinden türetilmiştir.

Kiral bir molekül veya iyon, birbirinin ayna görüntüsü olan iki stereoizomer halinde bulunur; bunlara enantiomer denir. Pasteur, 25 yaşında maya üzerinde çalışırken, tartarik asit moleküllerinin moleküler yapılarının bazı üç boyutlu özelliklerinden dolayı kiral olması gerektiğini ve üst üste getirilemeyen ayna görüntüsü (yani enantiomerik) moleküller olduklarını keşfetti. 1886'da İtalyan kimyager Piutti, bugün 'reseptör aracılı biyolojik aktivite' olarak kabul edilen şeyde enantiyoseçiciliği keşfetti. Biyolojideki kiral seçicilik ve yapı ile işlev arasındaki yakın ilişki, organik molekülleri anlamak için önemlidir (48).

Enantiomerler, çeşitli önemli biyokimyasal yollarda nasıl ayırt edilir ve neden? Yaşamın (veya biyomoleküllerin) Dünya'da nasıl ortaya çıktığı ve biyolojik sistemlerdeki homokiralitenin nasıl evrimleştiği gibi temel öneme sahip soruların cevapları şu anda büyük ölçüde çözülmemiş durumda. Talidomid felaketinden sonra, bir ilacın etkili kiralitesinin bilinmesinin şart olduğu kabul edildi ve şimdi tek enantiomerik ilaçlar milyar dolarlık bir endüstri oluşturuyor (49).

Organizmalar çoğu fizyolojik süreç için l-amino asitleri (l-aa) kullanır. Diğer organizmalardan farklı olarak, bakteriler l-aa'yı hücre duvarlarının temel bileşenleri ve ekosistemlerindeki sinyal molekülleri olarak d-- konfigürasyonlarına kiral olarak dönüştürür. Memeliler, bağışıklık tepkilerini başlatmak için mikrop ilişkili molekülleri tanır, ancak bakteriyel d-amino asitlerin (d-aa) memeli bağışıklık sistemlerindeki rolleri büyük ölçüde bilinmemektedir.

Glisin dışındaki proteinojenik amino asitler, α karbonunda d- veya l-konfigürasyonlu kiral merkezlere sahiptir. d- ve l-amino asitler (d-/l-aa) eşdeğer kimyasal özelliklere sahip olsalar da, organizmalar yaşamın tüm alanlarında ribozomal protein sentezinde yalnızca l-aa kullanırlar. l-aa baskınlığını korumak için, amino asitler için metabolik yollar çoğunlukla l-enantiomerler için kiral seçicidir.

Ökaryotlar ve arkelerden farklı olarak, bakteriler l-aa'yı d-aa'ya stereo-dönüştürmek için çeşitli amino asit rasemazları geliştirmiştir. Bakteriler, hücre duvarı (peptidoglikan) homeostazı, büyüme ve bakteriyel ekolojik nişte biyofilm oluşumu gibi çeşitli hücresel süreçleri düzenlemek için d-aa salgılarlar. Peptidoglikanlar, çok hücreli organizmaların lizozim enzimi tarafından parçalanır ve patojen veya mikrop ilişkili moleküler kalıp (PAMP veya MAMP) olarak sınıflandırılan parçalanmış fragmanlar, kalıp tanıma reseptörleri (PRR'ler) aracılığıyla doğuştan gelen bağışıklık tepkilerini aktive eder. PRR'ler aracılığıyla iletilen bu sinyaller, memelilerde kazanılmış bağışıklığı da düzenler. Bu yüzden, d-aa içeren bakteri yapıları, antibakteriyel tepkilerle yakından alakalıdır.

Memeliler, d-aa'yı parçalayan iki flavin adenin dinükleotid bağımlı oksidoredüktazı, d-aa oksidazı (DAO) ve d-aspartat oksidazı (DDO) ifade ederek l-aa baskınlığını korurlar (50).

Karaciğer glukoneogenezine ve lipogeneze katkıda bulunan mikrobiyota kaynaklı moleküllerin kimliği hakkında çok az şey bilinmektedir.

Yeni bir çalışmada, mikrobiyal kaynaklı kiral bir molekül olan D-laktatın konakçı glikoz ve lipid metabolizmasına katkıda bulunabileceği ve obezite sırasında metabolik hastalığı iyileştirmek için yakalanabileceği gösterilmiştir (51).

Craig Venter’in Synthia’sı İlk Sentetik Bakteri

Mikroorganizma teorisini ele alırken, insanların germ hattını veya mikrobiyal dünyayı nasıl etkilediğini ve mikropların neden bu kadar önemli olduğunu anlamak önemlidir. Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğundan mustarib tembel bir öğrenci olan John Craig Venter, biyolog oldu ve NIH'de (Ulusal Sağlık Enstitüleri) çalıştıktan sonra dünyanın önde gelen bilim insanlarından ve çok zengin biri haline geldi. İnsan genomunu (kendi genomunu) çözdü ve arkadaşlarıyla birlikte bir uzun ömür şirketi kurdu. Geliştirdiği 'ifade edilmiş dizi etiketi' ile genleri patentlemeye çalıştı, ancak büyük bir tepkiyle karşılaştıktan sonra vazgeçti (kimden merak ediyorum?). Venter ayrıca, bir organizma için gerekli minimum genleri içeren bir mikrop üretmeyi başaran ilk kişidir. Bu, elbette, genomu (yaklaşık 500 genden oluşan) ilk kez 1995'te tamamen dizilenen bir 'mikoplazma'dır. Ayrıca, biyolojinin asi çocuğu Venter'ın, evrim hakkındaki fikirlerini edindiği Galapagos Adaları'ndaki ‘Sorcerer-büyücü’ adlı yatında plankton araştırması yaptığını ve insan genom projesinden hemen sonra yeni bir yaşam formu yaratmaya çalıştığını da hatırlatalım (58). Sorcerer'dan bahsetmemek olmaz. "Hücre"ye adını veren ve hücre teorisine hayat veren, "İngiltere'nin Da Vinci'si" olarak adlandırılan Robert Hooke ile rekabet halinde olan ve hatta ondan intihal yapmakla suçlanan ünlü bilim insanı ve kimyager Isaac Newton'ın "Son Büyücü" olarak adlandırıldığını biliyor muydunuz (59, 60)?

Aslında, Venter'in sentetik bakterilerinden önce, viral replikasyonu sağlayan nükleotidlerin birleştirilmesiyle oluşturulan 'kimyasal virüsten' bahsetmek gerekir; Wimmer, viral RNA genomunun tüm genetik bilgilerini içeren yaklaşık 7.500 baz çiftinden oluşan genom uzunluğunda çift sarmallı tamamlayıcı DNA (cDNA) elde etti. Bu sentetik cDNA, spesifik bir RNA transkriptazı kullanılarak viral RNA'ya dönüştürüldü (van der Werf vd., 1986), böylece bulaşıcı viral RNA elde edildi (61). Bu nedenle, bakteriyofajlar dışındaki virüsler, bir test tüpünde sentezlenebilen kimyasal maddeler olarak kabul edilmelidir; başka bir deyişle, bunlar patojen değil, toksik maddelerdir. Bu nedenle, havadan bulaşmanın ispat edilmemesi de  izah edilebilir.

Rockefeller Üniversitesi Mikrop Teorisi Hakkında Ne Diyor?

Edgar Crookshank, Rockefeller Üniversitesi'nden önce literatürde mikrop teorisinin önemini ve dikkatli olunması gerektiğini ilk tartışan kişiydi, ancak aşı karşıtı (!) olduğu için unutuldu. 1888 tarihli makalesinde, bazı enfeksiyonların şüphesiz mikroorganizmalardan kaynaklandığını, ancak bunun tüm bulaşıcı hastalıklar için geçerli olmadığını ve yanıltıcı olduğunu doğru bir şekilde belirtti.

Ayrıca, Lister'ın öğretmeni ve viviseksiyon aleydarı, modern jinekolojik cerrahinin kurucusu olarak kabul edilen Lawson Tait'in, mikroorganizmaların genellikle morbid lezyonların son ürünü olduğu fikrini de muvafık bulmuşdu (62). Birçok kişi bilmese de, bu enstitünün ve tıbbın en prestijli dergilerinden biri olan Deneysel Tıp Dergisi'nin iki editörü (Dubos ve Casanova), son derece önemli makalelerinde mikrop teorisi hakkında farklı görüşler dile getirdi. Üstelik ikisi de Fransız ve mikrobiyoloji alanında çalışmışlardır.

René Dubos'un Germ Teorisi Üzerine Yeni Düşünceleri

Aslında bir tarım uzmanı olan ve toprak bakterilerine ve daha sonra tüberküloza odaklanan Dubos (9), 1955 yılında "Mikrop teorisi üzerine yeni düşünceler" başlıklı makalesinde, o zamanlar önemli bir sorun olan tavşan vebasından bahsetti ve hastalığın neden her zaman ortaya çıkmadığını sorgulayarak ilk kez şöyle dedi: "Herkes mikrop barındırır, ancak herkes hasta olmaz. Bu, mikropların konakçıyı etkileyen diğer faktörlerden daha az önemli olduğu anlamına gelir" (63). Bu makale, mevcut bilgimizle karşılaştırıldığında çok basittir, ancak türünün ilk örneği olması nedeniyle önemlidir. Neden önemli? Ayrıca, kendisini hayranı olarak ilan eden, onun görüşünü paylaşan ve ‘fakir’ için de bir rol model olan JL Casanova'nın (kendisine JL denmesini tercih eder) bunu "Mikrop teorisi üzerine yeni düşüncelerden tam teşekküllü konakçı teorisine"(64) başlığı altında açıklaması da önemlidir.

Jean Laurent Casanova'nın Germ Teorisi Yerine Ortaya Koyduğu 'Tam Teşekküllü Konakçı Teorisi'

Doğru hatırlıyorsam, 2013 yılında bir J-projesi toplantısında JL (Casanova) ile tanışma fırsatım olmuştu. Fransa'da onun ve ekibiyle birlikte yürüttüğümüz bazı çalışmalarımız var. Dubos'un öğrencisi, hemşehrisi ve halefi olan ve 2007'de bile mikrop teorisinden açıkça memnun olmayan JL'nin verdiği şu bilgileri gözden geçirelim (65); 'enfeksiyonu' şöyle tanımlıyorlar: bir mikrobun bir konakta çoğalması. Birincil enfeksiyon: belirli bir mikrobun bir konakta ilk enfeksiyonu. Hatta yakın zamanda 'Enfeksiyon Muamması'nı, sessiz enfeksiyondan ölümcül hastalığa kadar herhangi bir enfeksiyonun seyrinde kişiler arası muazzam klinik değişkenlik olarak tanımladılar (66).

Birincil enfeksiyon neden herkes için farklıdır? Anlaşılabileceği gibi, ikisi farklı şeylerdir ve birincil enfeksiyonun önemi, bağışıklık sisteminin ilk kez karşılaşılan enfeksiyona uygun ve yeterli şekilde yanıt verememesi tehlikesidir. Ondokuzuncu yüzyılın sonuna kadar 15 yaşın altındaki çocukların yarısının ateşten öldüğünü ve ortalama "yaşama beklentisinin" 20-25 yıl olduğunu belirtiyor (67). Ancak yaşama beklentisinin ortalama hayat süresi anlamına gelmediğini vurgulamak yerinde olur. Hayat süresi başka bir şeydir, yaşama beklentisi bambaşka bir şeydir.

Onyedinci yüzyıldaki veba ve 19. yüzyıldaki tüberküloz hariç, bulaşıcı hastalıkların ölüm oranı çok düşüktü. Ölenlerin bile altta yatan genetik bir nedeni vardı. Hala devam eden bu durum, mikrobiyologlar ve bulaşıcı hastalık uzmanlarının aşı ve ilaç geliştirmeye odaklanmaları nedeniyle gözden kaçırdıkları bir şeydi. Aynı zamanda, immünologlar, bulaşıcı olmayan antijenlere verilen yanıtlara odaklanarak antikor bilmecesine yoğunlaştılar. Bununla birlikte, insan kaynaklı enfeksiyon belirleyicilerinin varlığı, bağışıklık baskılanmasının etkileri nedeniyle emsalsizdi ve bu durum HIV'in keşfine kadar değişmeden kaldı. Dahası, ölümcül birincil enfeksiyonlar edinilmiş bağışıklık yetmezliği ile açıklanamazdı ve bu enfeksiyonlar "fırsatçı" yerine "idiyopatik - nedeni bilinmeyen" olarak etiketlenmeliydi. JL ve Abel, bulaşıcı hastalıkların intrensek sebebine olan inanışın artarken, paradoksal olarak ekstrensek sebebine olan inanışın daha da yerleştiğini ve bunu aşıların etkilerine bağladıklarını savundular. Ancak bu durum sadece ikincil enfeksiyonlar için geçerliydi, birincil enfeksiyonlar için değildi (68).

Son makalelerinde ekstrensek sebebleri ele alınmış. Artan duyarlılık, virüsün kontrolü için gerekli olan genlerdeki mutasyonlar yoluyla doğrudan veya konak savunmasının bileşenlerine karşı otoantikorların üretimi yoluyla dolaylı olarak yönlendirilebilir. Bununla birlikte, bu insan genotiplerinin, kalıcı virüsler de dahil olmak üzere, ortaya çıkan virüslerin doğal seyri üzerindeki etkisi hakkında çok az şey bilinmektedir (69).

Farklı Görüşler, Carlsson ve ark. Görüşü

Carlsson ve ark., evrimsel biyoloji, mikrobiyal patogenez ve konak-patojen etkileşimleri hakkındaki yerleşik bilgileri kullanarak hastalık şiddetini belirleyen faktörleri ele almaktadır. Ayrıca, mevcut verilerin, enfeksiyon sonucunu belirlemede hem etken mikrobun hem de konağın kilit rollerini tanıyan merkezsiz bir görüşü desteklediğini belirtmişlerdir. Ayrıca, Casanova ve ark.'nın sözde gizli immün yetmezliklerle ilgili hipotezinin (var olduğu varsayılan ancak bilinmeyen) yanlışlanamaz olduğu için bilimsel olmayan bir varsayım olduğunu da belirtmişlerdir. Patojenin ne olduğunu tartışmışlar, ancak yukarıda verilen moleküler özellikleri dikkate almamışlardır (70).

Dr. Konuralp'a Göre 'Sözleşme Teorisi’

Hayatın korunması ve ister tek hücreli ister çok hücreli olsun, yaşadığımız gezegende (biyosferde) ve aslında tüm evrende türlerin devamlılığı temelde iki ana faktöre bağlıdır: 1. Yeterli ve uygun besin (gerekli maddeler) sağlamak. 2. Atıkları (zararlı maddeler) uzaklaştırmak. Biyolojide, her atık ürünün bir alıcısı vardır. Başka bir deyişle, sizin için zararlı veya kullanılamaz olan şey, başkası için besin veya kullanabileceği bir maddedir. Yenidoğanlar ve bakteriler tarafından K vitamini üretimi, bu ilişkinin tipik bir örneğidir. Ayrıca, tıpkı leş yiyiciler gibi, konakçıya veya diğer yabancı organizmalara ait ölü ve parçalanmış hücreleri bizim için toplayabilirler. Başka bir deyişle, mikro düzeyde yara temizliği (mekanik temizlik) yaparlar. Anlaşmanın herhangi bir nedenle, genellikle epigenetik olarak (aşılarla-AY) bozulmasının sonucu enfeksiyon ve/veya iltihaplanmadır (71).

Sonuç

Sonuç olarak, mikrobiyoloji, immünoloji ve genetik alanlarındaki ilerlemelere rağmen, mikrop teorisinin moleküler gelişmeler ve yukarıda açıklanan bazı güçlü itirazlar nedeniyle belirsizliğe mahkum edildiğine inanıyorum.

Ayrıca virüsler hakkındaki bilgi ve tanımların gözden geçirilmesi ve bakteriyofajlarla sınıflandırılmalarının terk edilmesi gerektiğine inanıyorum. Burada sunulan bilgilerin, özellikle moleküler immünoloji alanında temel bir araç olarak kullanılabileceğini umuyorum.

Orijinali için: https://scholar.google.com.tr/citations?view_op=view_citation&hl=tr&user=5rzFv8YAAAAJ&cstart=20&pagesize=80&citation_for_view=5rzFv8YAAAAJ:q3CdL3IzO_QC

Kaynaklar

1- Théodoridès J (1966) Casimir Davaine (1812-1882): a precursor of Pasteur. Medical History. 10: 155-65.

2- Campbell FR (1885) Chemical versus Germ theory of diseases. Buff Med Surg J. 11: 485-99.

3- Sultana S, Sarker SA, Brüssow H (2017) What happened to Koch’s postulates in diarrhoea? Environmental Microbiology. 19: 2926-34.

4- Evans AS (1976) Causation and disease: the Henle-Koch postulates revisited. Yale J Biol Med. 49: 175-95.

5- Opal SM (2009) A brief history of microbiology and immunology. In: Artenstein AW, editor. Vaccines: A Biography. New York: Springer.10: 31-56.

6- Ursell LK, Metcalf JL, Parfrey LW, Knight R (2012) Defining the human microbiome. Nutr Rev. 70: S38-44.

7- Byndloss MX, Bäumler AJ (2018) The germ-organ theory of non-communicable diseases. Nature Reviews Microbiology. 16: 103-10.

8- Popescu M, Van Belleghem JD, Khosravi A, Bollyky PL (2021) Bacteriophages and the immune system. Annu Rev Virol. 8: 415-35.

9- Rasmussen N (2022) “René Dubos, the Autochthonous Flora, and the Discovery of the Gut Microbiome.” mBio. 13 :e03485-21.

10- Luczynski P, McVey Neufeld KA, Oriach CS, Clarke G, Dinan TG, et al. (2016) Growing up in a bubble: Using germ-free an- imals to assess the influence of the gut microbiota on brain and behavior. Int J Neuropsychopharmacol. 19: pyw020.

11- Stinson LF, Boyce MC, Payne MS, Keelan JA (2019) The Not-so-Sterile Womb: Evidence That the Human Fetus Is Exposed to Bacteria Prior to Birth. Frontiers in Microbiology. 10: 1124.

12- Martel J, Wu C-Y, Huang P-R, Cheng W-Y, Young JD, et al. (2017) Pleomorphic bacteria-like structures in human blood represent non-living membrane vesicles and protein particles. Sci Rep. 7: 10650.

13- Wolfe AJ, Brubaker L (2024) Discovering the Urinary Microbiome. American Scientist. 112: 162-9. 14. Opal SM (2009) A Brief History of Microbiology and Immunology. Vaccine. 27: 931-40.

14- Opal SM (2009) A Brief History of Microbiology and Immunology. Vaccine. 27: 931-40.

15- Méthot PO (2016) Writing the history of virology in the twentieth century: Discovery, disciplines, and conceptual change. Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences. 59: 145-53.

16- Lauffer MA (1981) What is a virus? The case of tobacco mosaic disease. Critical Reviews in Microbiology. 8: 191-214.

17- Raoult D, Forterre P (2008) Redefining viruses: lessons from Mimivirus. Nature Reviews Microbiology. 6: 315-9.

18- Pan M (2019) Collection, particle sizing and detection of airborne viruses. Journal of Applied Microbiology. 127: 1596-611.

19- Wessner DR (2010) The Origins of Viruses. Nature Education / Scitable. 3: 37.

20- Norrby E (2008) Nobel Prizes and the emerging virus concept. Arch Virol. 153: 1109-1123.

21- Reynolds KA (2010) Mysterious Microbe in Water Challenges the Very Definition of a Virus. Water Conditioning & Purifi- cation. 52: 56-8.

22- Liu Q, Wang Y, Walsh MM, et al. (2015) The virome in mammalian physiology and disease. Cell. 163: 800-11. 23. Microbiome Foundation (2025) Virome: Microbiome viruses. Microbiome Foundation-Scientific Watch.

24- Clokie MRJ, Kropinski AM (2015) A century of phage research: bacteriophages and the shaping of modern biology. Bacte- riophage. 5: e104.

25- Summers WC (2012) The strange history of phage therapy. Bacteriophage. 2: 130-33.

26- Cloutier PR, de Sordi L, Barr JJ, Trigona W, Stecher B, et al. (2019) Bacteriophage and the innate immune system: access and signaling. Microorganisms. 7: 624.

27- Navarro F, Muniesa M (2017) Phages in the Human Body. Frontiers in Microbiology. 8: 566.

28- Fruciano E, Bourne S (2007) Phage as an antimicrobial agent: d’Herelle’s heretical theories and their role in the decline of phage prophylaxis in the West. Can J Infect Dis Med Microbiol. 18: 19-26.

29- Strathdee SA, Hatfull GF, Mutalik VK, Schooley RT (2023) Phage therapy: From biological mechanisms to future direc- tions. Cell. 186: 17-31.

30- Van Twest R, Kropinski AM (2009) Bacteriophage enrichment from water and soil. In: Clokie MRJ, Kropinski AM, editors. Bacteriophages: Methods and Protocols, Volume 1: Isolation, Characterization, and Interactions. Totowa (NJ): Humana Press. 15-21.

31- Rath D, Amlinger L, Rath A, Lundgren M (2015) The CRISPR-Cas immune system: biology, mechanisms and applications. Biochimie. 117: 119-28.

32- Salzberg SL, White O, Peterson J, Eisen JA (2001) Microbial genes in the human genome: lateral transfer or gene loss? Sci- ence. 292: 1903-06.

33- Blanco-Melo D, Venkatesh S, Bieniasz PD (2012) Intrinsic cellular defenses against human immunodeficiency viruses. Im- munity. 37: 399-411.

34- Valerdi KM, Hage A, van Tol S, Rajsbaum R (2021) The role of the host ubiquitin system in promoting replication of en- teroviruses: interaction of TRIM56 with 3D polymerase of CVB3. Science Translational Medicine. 13: eabc6517.

35- Zabel MD, Reid C (2015) A brief history of prions. Pathogens and Disease. 73: ftv087.
36- Sarchet P (2025) Barbara McClintock: Nobel prize-winning plant geneticist. New Scientist.

37- Lartigue C, Glass JI, Alperovich N, Pieper R, Parmar PP, et al. (2007) Genome transplantation in bacteria: changing one spe- cies to another. Science. 317: 632-38.

38- Mustafin RN (2018) Hypothesis on the Origin of Viruses from Transposons. Mol Genet Microbiol Virol. 33: 223-32.

39- Broecker F, Moelling K (2019) Evolution of immune systems from viruses and transposable elements. Frontiers in Microbi- ology. 10: 51.

40- Irwin NAT, Pittis AA, Richards TA, Keeling PJ (2022) Systematic evaluation of horizontal gene transfer between eukaryotes and viruses. Nat Microbiol. 7: 327-36.

41- Schmitz JF, Bornberg-Bauer E (2019) De novo gene birth. PLoS Genetics. 15(5):e1008160.

42- Chakravarty AK, Jarosz DF. (2018) More than just a phase: prions at the crossroads of epigenetic inheritance and evolutio- nary change. J Mol Biol. 430: 4607-18.

43- Mallari K (2023) Dark DNA and stress (Review). Int J Mol Med. 51: 8.
44- Gray MW, Burger G, Lang BF (1999) Mitochondrial evolution. Science. 283: 1476-81.

45- Huang WE, Song Y, Xu J (2015) Single cell biotechnology to shed a light on biological ‘dark matter’ in nature. Microbial Biotechnology. 8: 15-16.

46- Owens B (2012) Genomics: The single life. Nature. 491: 27-29.

47- Bang C, Schmitz RA (2015) Archaea associated with human surfaces: not to be underestimated. FEMS Microbiology Re- views. 39: 631-48.

48- Gal J, Cintas P (2012) Early History of the Recognition of Molecular Biochirality. In: Biochirality: Origins, Evolution, and Molecular Recognition, Topics in Current Chemistry, vol 333. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag. 29: 1-40.

49- Banik SD, Nandi N (2012) Chirality and protein biosynthesis. In: Biochirality: Origins, Evolution, and Molecular Recogni- tion. Topics in Current Chemistry, vol 333. Heidelberg: Springer. 255-305.

50- Suzuki M, Sujino T, Chiba S, Harada Y, Goto M, et al. (2021) Host-microbe cross-talk governs amino acid chirality to regu- late survival and differentiation of B cells. Sci Adv. 7: eabd6480.

51- Han Fang, Anhê FF, Zada DK, Barra NG, E-Lacerda RR, et al. Gut substrate trap of D-lactate from microbiota improves blood glucose and fatty liver disease in obese mice. Cell Metabolism. 37: 1806-19.e7.

52- Allen LZ, Ishoey T, Novotny MA, McLean JS, Lasken RS, et al. (2013) Isolation and genome analysis of single virions using ‘single virus genomics’. J Vis Exp. 26: e3899.

53- Wadell G (1983) Cultivation of viruses. In: Textbook of Medical Virology. Lycke E, Norrby E, editors. 1st ed. Elsevier. 38-44.

54- Kolata GB (1975) Phage in live virus vaccines: are they harmful to people? Science. 187: 522-3.

55- Ryu AH, Eckalbar WL, Kreimer A, Yosef N, Ahituv N (2017) Use antibiotics in cell culture with caution: genome-wide iden- tification of antibiotic-induced changes in gene expression and regulation. Sci Rep. 7: 7533.

56- Karimi N, Cvjetkovic A, Jang SC, Crescitelli R, Hosseinpour Feizi MA, et al. (2018) Detailed analysis of the plasma extracel- lular vesicle proteome after separation from lipoproteins. Cell Mol Life Sci. 75: 2873-2886.

57- Hilleman MR (1990) History, precedent, and progress in the development of mammalian cell culture systems for preparing vaccines: safety considerations revisited. J Med Virol. 31: 5-12.

58- Lemonick MD (2000) Gene Mapper: The Bad Boy of Science Has Jump-Started a Biological Revolution. TIME.

59- Griffing LR (2020) The mystery of the missing portrait of Robert Hooke, 17th-century scientist extraordinaire. The Conver- sation.

60- White M (1997) Isaac Newton: The Last Sorcerer. London: Fourth Estate.

61- Wimmer E (2006) The test-tube synthesis of a chemical called poliovirus: The simple synthesis of a virus has far-reaching so- cietal implications. EMBO Rep. 7: S3-S9.

62- Crookshank E (1988) The history and present position of the germ theory of disease. Public Health. 102: 629-38. 63. Dubos RJ (1955) Second thoughts on the germ theory. Scientific American. 192: 31-35.

64- Casanova JL (2023) From second thoughts on the germ theory to a full-blown host theory. Proc Natl Acad Sci U S A. 120: e2301186120.

65- Casanova JL, Abel L (2007) Human genetics of infectious diseases: a unified theory. EMBO J. 26: 915-22.

66- Casanova JL, Abel L (20130 The genetic theory of infectious diseases: a brief history and selected illustrations. Annu Rev Ge- nomics Hum Genet. 14: 215-43.

67- Casanova JL, Abel L (2022) From rare disorders of immunity to common determinants of infection: following the mechanistic thread. Cell. 185: 3086-3103.

68- Casanova JL, Abel L (2013) The genetic theory of infectious diseases: a brief history and selected illustrations. Annu Rev Ge- nomics Hum Genet. 14: 215-43.

69- Langlois RA, Casanova JL (2025) The potential impacts of human genetics on virus emergence. Proc Natl Acad Sci U S A. 122: e2504318122.

70- Carlsson F, Råberg L (2024) The germ theory revisited: A noncentric view on infection outcome. Proc Natl Acad Sci USA. 121: e2319605121.

71- Konuralp C (2023) Contract Theory. In: Konuralp C. Bağışıklığın Arka Bahçesi: ‘Bilim’in Gerçeklerinden ‘İlim’in Hakikatlerine. Istanbul: Hayykitap; 152: 978-625-8222-135.